Les noves directrius de l'Església són difoses a Catalunya amb la creació de nous seminaris. S'exigeix als eclesiàstics un comportament més zelós i moralitzant. I una disciplina a la qual es resisteixen alguns monestirs i capítols de canonges. Tot i que a Catalunya no es registren nuclis protestants, la seva situació fronterera és considerada un perill per Felip II. S'extrema la repressió contra qualsevol conducta o opinió considerada heterodoxa. La prohibició d'estudiar a l'estranger, la censura de llibres i l'atorgament d'un nou protagonisme a la Inquisició són unes de les mesures aplicades.